SOE nonāca konfliktā arī ar Lielbritānijas Ārlietu ministriju, kam nepatika, ka šī organizācija atbalsta komunistiskas pretošanās kustības, piemēram, Tito sarkanos partizānus Dienvidslāvijā. Taču SOE vadītāji un aktīvie aģenti nelauzīja galvas par politiku – viņiem bija svarīgi atbalstīt tās pretošanās grupas, kas “vislabāk prot nogalināt vāciešus”.
Hitlera nežēlīgā atriebība
Atentāts pret Reinhardu Heidrihu bija viens no SOE lielākajiem panākumiem, tomēr tam bija liktenīgas sekas. Simtiem SS karavīru pārmeklēja Prāgu, dzenot pēdas aģentiem Jozefam Gabčikam un Janam Kubišam, un visi, kas stājās viņiem ceļā, tika nošauti. Kopā ar citiem pretošanās kustības dalībniekiem Gabčiks un Kubišs paslēpās kapenēs zem Kirila un Metodija baznīcas. Kad vācieši izsolīja miljonu reihsmarku lielu atlīdzību, viens no partizāniem viņus nodeva.
17. jūnijā uzbrukumā baznīcai devās 700 SS karavīru. Pretošanās kustības dalībnieki turējās sešas stundas, taču, kad vācieši piepildīja pagrabu ar ūdeni, čehi uzspridzinājās. Viņi labāk vēlējās mirt nekā nonākt vāciešu rokās.
Tobrīd SS jau bija veikusi nežēlīgu atriebes akciju. 10. jūnijā nacistu vienības ielenca Lidices ciemu Prāgas pievārtē. SS nogalināja visus 173 ciema vīriešus, bet sievietes un bērnus nosūtīja uz koncentrācijas nometnēm. Līdz ar zemi nolīdzināja vēl vienu ciemu. Atriebjot atentātu pret Heidrihu, kopumā nogalināja 400 čehus. Lidices slaktiņā izdzīvoja tikai deviņi.
Par Čērčila slepenās vienības veiktajām akcijām represijas tika vērstas pret civiliedzīvotājiem, taču aģentus tas neaizkavēja.
“Mēs, pagrīdes pretošanās kustības dalībnieki, zinājām, ka mūsu darbam ir nozīme. Reizēm partizāni veica gandrīz neticamas operācijas. Mūsu vidū bija arī krāpnieki, nodevēji un noziedznieki, taču viņi bija mazākumā. Lielākā daļa no mums bija godīgi cilvēki, un mēs ļoti labi zinājām, ka darbojamies ārpus likuma robežām,” par savu darbību pretošanās kustībā teic vēsturnieks M.R.D. Futs.