Dzimis 1928.gadā nelielā Kirgīzijas ciemā, viņš jau bērnībā ļoti tieši saskārās ar skarbo padomju laika īstenību, kad viņa tēvs staļinisko tīrīšanu laikā tika apsūdzēts "buržuāziskajā nacionālismā" un sodīts kā "''tautas ienaidnieks" un viņam pašam jau desmit gadu vecumā nācās sākt patstāvīgi strādāt.

Pirmo ievērību Aitmatovs guva 1958.gadā ar stāstu "Džamila", vēlāk ar īso stāstu krājumu "Kalnu un stepju stāsti". Daudzi pazīstamākie viņa darbi - stāsti "Ardievu, Gulsari!", "Kad pasaka beigusies (Baltais kuģis)", "Raibais suns, kas skrien gar jūras malu", kā arī astoņdesmito gadu atmodai būtiskie romāni "Un garāka par mūžu diena ilgst" un "Pieresvieta" tulkoti arī latviski.

Īsi pirms Padomju Savienības sabrukuma PSRS prezidents Mihails Gorbačovs iecēla Aitmatovu par vēstnieku Beļģijā, Nīderlandē un Luksemburgā, vēlāk rakstnieks kļuva Kirgīzijas vēstnieku Beniluksa valstīs, Francijā, NATO un UNESCO. Laikā no 1995. līdz 2000. gadam Aitmatovs bija savas valsts parlamenta deputāts.

Kirgīzijā 2008.gads pasludināts par Aitmatova gadu.

Pagājušajā mēnesī rakstnieks ar nieru mazspēju tika nogādāts slimnīcā Vācijā. Vācijā izdoti daudzi viņa darbi.

Lai gan angliski runājošajā pasaules daļā Aitmatovs nav īpaši pazīstams, tomēr lietpratēji viņa devumu salīdzina ar tādu maģiskā reālisma meistaru kā Salmana Rušdī vai Gabriela Garsijas Markesa darbiem.

Beidzamajos dzīves gados Aitmatova rūpju lokā bija nonākušas pieaugošās nesaskaņas starp musulmaņu un kristiešu pasauli.

Kā par rakstnieku izteicies viņa romānu ekranizējumu režisors Genādijs Bazarovs, Aitmatovs neapšaubāmi bija "izcila personība, kas devusi milzīgu ieguldījumu cilvēces kultūrā".